La surveillance écologique et toxicologique de ce dinoflagellé a montré que la saison chaude était favorable à sa prolifération (ou bloom), de même que toute perturbation d’origine naturelle (cyclone, tsunami, séisme…) ou humaine (pollution, aménagement du littoral, immersion de matériels…) susceptible d’entraîner une mortalité des édifices coralliens. Pourtant, ce n’est pas la présence de fortes densités de Gambierdiscus qui crée la ciguatéra mais celle des lignées toxiques de cette micro-algue. On observe en effet une coexistence de souches atoxiques et ciguatoxiques dans le milieu naturel. La mise en culture de ces dernières permet de produire en masse des ciguatoxines in vitro. L’identification des gènes spécifiques de ces lignées toxiques devrait permettre à terme le développement de sondes moléculaires en vue de la détection en routine et en temps réel des lignées dangereuses de Gambierdiscus in natura, notamment dans les zones intéressant la pêche lagonaire.

La chaîne alimentaire de la ciguatéra est essentiellement limitée aux poissons. L’intoxication consécutive à la consommation de mollusques ou crustacés reste peu documentée, même si des intoxications de type ciguatéra-like, liées à la consommation de bénitiers, ont récemment été suspectées dans certaines régions du Pacifique (Lifou en Nouvelle-Calédonie, et Raivavae dans l’archipel des Australes). Les CTXs, produites en très faibles quantités par le dinoflagellé, sont ingérées par les poissons herbivores qui broutent les algues puis se concentrent dans leurs tissus. Elles s’accumulent ensuite dans l’organisme de leurs prédateurs, les poissons carnivores. Inoffensives pour le poisson, les toxines sont nocives pour l’Homme au-delà d’un certain seuil de tolérance.