Les programmes de recherche du LVM

Programme Prev-DEN (2012-2016)

Cette étude a pour objectif d’évaluer le niveau d’immunité de la population de Polynésie française (Pf) vis-à-vis des quatre sérotypes de dengue et d’autres arbovirus (arthopod-borne virus) ayant pu circuler à bas bruit ou susceptibles d’être introduits. L’étude comprend un volet dédié aux enfants scolarisés dans la tranche des 5-15 ans, ainsi qu’un volet dédié à la population générale. Les analyses sérologiques ont été réalisées grâce à une technologie nouvelle basée sur l’utilisation de protéines recombinantes (SHERPADES), dont le protocole a été transféré à l’ILM par l’Institut Pasteur de Paris (IPP), dans un premier temps au format ELISA, puis dans un second temps au format Luminex SHERPAxMap. En outre, un protocole de microséroneutralisation de la dengue a été mis en place à l’ILM pour les besoin de l’étude, pour ensuite être adapté au Zika et au chikungunya. Cette étude a pris une importance scientifique majeure avec la survenue des épidémies de Zika fin 2013, puis de chikungunya fin 2014. Une première phase de recrutement avait eu lieu au premier semestre 2014 (476 scolaires - Tahiti, Moorea), (196 participants en population générale - 5 archipels). La seconde phase de recrutement a eu lieu au second semestre 2015 (700 participants en population générale - Tahiti, Moorea). Les résultats préliminaires de l’étude ont été communiqués lors de deux congrès scientifiques en 2015. Les résultats relatifs au Zika ont été récemment publiés (Aubry et al., 2017). L’analyse des données et la rédaction des articles scientifiques relatifs aux autres arbovirus seront finalisées prochainement.

Coordonnateur : Dr Cao-Lormeau

Chargée de recherche en charge du projet : Dr Aubry

Collaborations :

  • Direction de la santé
  • Institut de la statistique de Polynésie française (ISPf)
  • Centre d’épidémiologie et de santé publique des armées (CESPA)
  • Institut Pasteur de Paris (IPP)

Programme ISID-Pacific (2014-2017)

L’actualité de ces dernières années dans le Pacifique a été marquée par la survenue d’épidémies de dengue et d’arboviroses n’ayant jamais été décrites dans la région auparavant. L’objectif du programme ISID-Pacific est de renforcer la surveillance régionale des pathologies infectieuses émergentes en complétant les données sur la prévalence de ces infections. Ce programme est mené en collaboration avec des institutions de recherche et des Universités de la région, avec la participation des laboratoires de santé publique de plusieurs Etats insulaires du Pacifique et le soutien de l’OMS. Le programme repose en premier lieu sur la contribution de l’ILM aux investigations d’épidémies de « fièvre aigüe avec rash » survenant dans le Pacifique. Initiée en 2011, dans le cadre du programme DEN-PACSUD (2009-2013), la participation de l’ILM à la surveillance régionale s’est poursuivie grâce au programme ISID-Pacific et à un complément de financement accordé par l’OMS pour la réalisation d’une partie des analyses demandées par les pays de la région. De janvier 2012 à décembre 2015, l’ILM a reçu près de 2000 prélèvements sanguins déposés sur buvard en provenance de 17 Etats insulaires du Pacifique. Ces prélèvements ont été testés par biologie moléculaire (RT-PCR) pour les virus de la dengue, du chikungunya et du Zika. Au cours de l’année 2015, les tests réalisés par l’ILM ont permis de confirmer la circulation du chikungunya, du Zika et de la dengue (sérotypes 2 et 3) dans plusieurs Etats insulaires de la région (Cf. tableau ci-dessus). L’analyse phylogénétique des arbovirus provenant des différents Etats du Pacifique et détectés sur buvards depuis 2012 fait l’objet du sujet de Master by Research (USP) - Caractérisation des arbovirus circulants dans le Pacifique, de Mme Naivalu, Lecturer in Microbiology, Fiji National University. L’étudiante a été accueillie à l’ILM au second semestre 2015 pour la réalisation du séquençage génétique. L’étudiante a également suivi 5 jours de formation à l’utilisation du logiciel d’analyse de séquences à Fiji au mois de mai 2016 en présence du Pr Aaskov. Le travail réalisé sera valorisé dans le cadre d’un article en prévision pour la fin de l’année 2016.
Le programme comprend également la réalisation d’une étude de séroprévalence des arboviroses à Fiji. Celle-ci fait l’objet du sujet de Master by Research (USP) - Etude de séroprévalence des arbovirus à Fiji, du Dr Kama, Fiji National Advisor on Communicable Diseases. Cette étude est menée conjointement avec les partenaires initiaux du programme ISID-Pacific, ainsi que des collaborateurs de la LSHTM et l’ANU. L’étude est réalisée sur près de 1000 prélèvements réalisés dans le cadre d’une précédente étude de séroprévalence de la typhoïde et de la leptospirose menée par la LSHTM à Fiji en 2013. Pour 400 participants, la collecte d’un second prélèvement de sang a été organisée par la LSHTM courant 2015. Les analyses sérologiques ont été réalisées, d’une part à l’ILM (Luminex SHERPAxMap) et, d’autre part, à la QUT (ELISA PanBio Dengue, séroneutralisation Ross River). Un point sur l’état d’avancement du projet a été réalisé en présence des différents partenaires à l’occasion de la tenue de l’International Congress of Tropical Medicine and Malaria (ICTMM), Brisbane, Sept 18-22. La rédaction d’un premier article sur les résultats obtenus pour le Zika est en cours de préparation.

Coordonnateur : Dr Cao-Lormeau

Etudiants : Dr Kama, Master by Research (USP); Naivalu, Master by Research (USP)

Collaborations :

  • Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie (IPNC)
  • Institut Pasteur de Paris (IPP)
  • Queensland University of Technology (QUT)
  • University of the South Pacific (USP)
  • Australian National University (ANU)
  • University of Western Australia (UWA)
  • London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM)
  • Fiji Centers for Communicable Diseases Control (FCCDC
  • Fiji Ministry of Health)
  • OMS (Division of Pacific Technical Support, Suva, Fiji)
  • National Health Services (Samoa)
  • Hôpital de Sia (Wallis et Futuna)
  • Ministry of Health and Medical Services (Solomon Isl.)
  • Ministry of Health (Vanuatu)
  • Majuro Hospital Laboratory (Republic of Marshall Isl.)
  • Ministry of Health (Kingdom of Tonga)
  • Department of Health Services Yap/Kosrae/ Pohnpei/Chuuk (Federated States of Micronesia)

Programme DENFREE [Etude Métapop-DEN] (2014-2016)

Le programme DENFREE - Dengue research Framework for Resisting Epidemics in Europe, est coordonné par le Dr Sakuntabhai (IPP) et financé par l’Union européenne. L’ILM est impliqué dans différents volets du programme, en particulier celui consacré à la dynamique des épidémies de dengue dans le Pacifique, dans lequel s’inscrit le projet de thèse de Yoann Teissier (2013-2016), Metapop-DEN [Co-direction de thèse: Dr Richard Paul, IPP; Dr Cao-Lormeau]. Ce travail de thèse étudie l’impact du contexte géographique fragmenté de la Pf (îles dispersées) et de la mobilité des habitants (trafic aérien et maritime) entre les îles, sur la dynamique des épidémies de dengue. Le doctorant a dans un premier temps travaillé à la construction d’une base de données rassemblant le nombre de demandes, de confirmations biologiques, le genre et l’origine géographique des cas de dengue répertoriés à l’ILM depuis plus de 30 ans. Dans un second temps l’étudiant a construit une base de données de la mobilité inter-îles grâce à la contribution du Service d’Etat de l’Aviation Civile en Polynésie française, de la Direction de l’Aviation Civile, de la compagnie Air Tahiti et de la Direction Polynésienne des Affaires Maritimes. Au cours de l’année 2015, l’étudiant a été accueilli plusieurs mois à l’IPP pour la réalisation des analyses épidémiologiques, puis au sein de l’équipe du Dr Rodo, Institut Català de Ciènces del Climat (IC3), pour la conception du modèle devant reproduire la dynamique épidémique de la dengue en Pf. Le travail de modélisation est terminé pour la dengue, la rédaction du rapport de thèse et celle des articles relatifs à l’étude sont en cours. D’autres études sont menées dans le cadre du programme DENFREE avec l’équipe du Pr Cazelles (UMR 8197 CNRS-Ecole Normale Supérieure IBENS), elles concernent, d’une part, l’élaboration d’un modèle phylodynamique des épidémies de dengue en Pf et, d’autre part, la modélisation des épidémies de Zika dans le Pacifique (Champagne et al., révisions soumises aux reviewers).

Coordonnateur : Dr Sakuntabhai Anavaj (IPP)

Chercheur en charge du projet pour l’ILM : Dr Cao-Lormeau

Doctorant : Teissier Y (ED474, Université Paris VII)

Collaborations :

  • Fundació Institut Català de Ciències del Clima (IC3)
  • UMR 8197 CNRS-Ecole Normale Supérieure IBENS
  • Ecole Doctorale Frontières du Vivant (ED474)
  • Compagnie Air Tahiti
  • Service d’Etat de l’Aviation Civile en Polynésie française (SEAC)
  • Direction de l’Aviation Civile (DAC)
  • Direction Polynésienne des Affaires Maritimes (DPAM)

Etude cas-témoin Zika et malformations congénitales (2016-2017)

Suite à l’annonce faîte par les autorités brésiliennes de santé publique, d’une augmentation explosive du nombre de cas de microcéphalie chez des fœtus et des nouveau-nés, quelques mois après le début de l’épidémie de Zika, des investigations menées rétrospectivement par la Direction de la santé et le CHPf ont conduit à répertorier 22 cas de malformations congénitales, dont des microcéphalies, potentiellement liées au Zika en Pf. Afin de documenter de façon plus précise l’existence d’un lien de causalité entre ces cas de malformations congénitales et l’exposition des mères au virus Zika au cours de la grossesse, une étude cas-témoin a été initiée. L’étude est menée sur les mères (22 cas et 110 témoins) pour lesquelles au moins une période du premier semestre de grossesse s’est déroulée entre septembre 2013 et août 2014. Des sérologies Zika et dengue (Luminex SHERPAXMap, microséroneutralisation) seront réalisées à l’ILM sur les sérums récemment collectés des mères. Des dosages de métaux lourds (plomb et mercure) seront également réalisés dans le sang et des échantillons de cheveux des mères. Deux médecins mis à disposition par l’IPP et l’OMS se sont rendus en Pf pour les besoins de l’étude afin de procéder à une évaluation du développement psychomoteur des enfants (cas et témoins). Le financement accordé par l’OMS à l’ILM pour la réalisation de l’étude a permis le recrutement d’une technicienne de laboratoire pour une durée de 6 mois, pour la réalisation des tests sérologiques.

Coordonnateur : Pr Fontanet Arnaud (IPP)

Chercheur en charge du projet pour l’équipe : Dr Cao-Lormeau

Biologiste en charge du projet pour le LABM : Dr Nhan

Collaborations :

  • Direction de la santé
  • Centre hospitalier de la Polynésie française (CHPf)
  • OMS

Etude cas-témoin Zika et Syndrome de Guillain Barré (2014-2015)

Cette étude menée en partenariat avec la Direction de la santé, le CHPF, l’IPP, l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière (APHP) et l’Université de Glasgow, avait pour objectif d’explorer le lien de causalité entre la survenue de 42 cas de syndrome de Guillain Barré et l’infection par le virus Zika, au cours de l’épidémie de 2013/2014 en Pf. L’ILM a mis en place et réalisé la totalité des analyses sérologiques relative à l’étude: détection des anticorps IgM anti-Zika et anti-dengue par immunofluorescence; détection des anticorps IgG anti-Zika et anti-dengue spécifiques de type grâce au protocole Luminex SHERPAXMap (initialement mis en place à l’ILM pour les besoins des programmes Prev-DEN et ISID-Pacific), titrage des anticorps neutralisants contre le Zika et les différents sérotypes de dengue par microséroneutralisation (un protocole également initialement mis en place à l’ILM pour les besoins des programmes Prev-DEN). Les tests sérologiques et la rédaction d’un article de recherche ont été finalisés fin 2015. L’article, le premier à démontrer l’existence d’un lien de causalité entre infection par le virus Zika et Syndrome de Guillain Barré, a été publié dans la revue the Lancet en février 2016 (Cao-Lormeau et al., 2016).

Coordonnateur : Pr Fontanet Arnaud (IPP)

Chercheur en charge du projet pour l’ILM : Dr Cao-Lormeau

Collaborations :

  • Direction de la santé
  • Centre hospitalier de la Polynésie française (CHPf)
  • Université de la Pitié-Salpêtrière
  • Université de Glasgow

Arbovirus et moustiques vecteurs en Polynésie française (activité continue)

Ce volet de recherche s’intéresse en premier lieu à la capacité des espèces de moustiques présentes en Pf à transmettre les arbovirus présentant un risque épidémique. Sur la période 2014-2016, l’essentiel des activités de recherche a été consacré à la réalisation des expérimentations (infection de moustiques en conditions de laboratoire) permettant d’évaluer et de comparer la capacité d’Aedes aegypti (espèce également présente dans d’autres régions du monde) et d’Aedes polynesiensis (espèce endémique des îles du triangle polynésien) à transmettre le virus du chikungunya et le virus du Zika. Deux articles ont ainsi été publiés (Richard et al., 2016). Des expérimentations ont également été conduites avec l’espèce Culex quinquefasciatus et les résultats seront communiqués prochainement.
En parallèle une autre étude est en cours avec l’équipe du Dr Lambrechts sur la réalisation d’un séquençage profond sur des échantillons de salives infectantes collectés sur buvard issues de moustiques Aedes aegypti et Aedes polynesiensis expérimentalement infectés par la dengue. L’objectif est de déterminer l’impact de l’espèce moustique et du génotype de dengue sur la variabilité génétique virale.

Coordonnateur : Dr Cao-Lormeau

Ingénieur de recherche en charge des expérimentations : Dr Richard

Collaborations : Institut Pasteur de Paris (IPP)

Diagnostic des arbovirus émergents et transfusion sanguine

L’expertise de l’équipe pour les aspects relatifs à la biologie des arbovirus, l’élaboration et l’ajustement des protocoles de détection (biologie moléculaire, sérologie), le séquençage et l’analyse phylogénétique a été sollicitée dans le cadre de plusieurs activités relatives à la surveillance et au diagnostic des arboviroses (Musso et al., 2015 ; Aubry et al., 2014 ; Nhan et al.,2014) ainsi que la mise en place d’un protocole expérimental visant à valider les procédés d’inactivation de la dengue dans les produits sanguins destinés à la transfusion et la réflexion sur la mise en place d’un algorithme de détection pour limiter le risque transfusionnel au cours de l’épidémie de Zika (Musso et al., 2014; Musso et al., 2014).

Coordonnateur : Dr MUSSO (LABM)

Chercheur : Dr Aubry

Collaborations : CERUS Corporation (USA)

AeDenPac (2012-2015)

Le programme AeDenPac, coordonné par le Dr Guillaumot et le Dr Dupont-Rouzeyrol (IPNC), s’est déroulé sur la période 2012-2015. Essentiellement consacré à Aedes aegypti, ce programme avait pour objectifs majeurs: la mise en réseau de spécialistes régionaux avec pour perspective l’instauration d’une surveillance entomologique pérenne dans les îles du Pacifique; l’approfondissement des connaissances sur: le vecteur, le cycle de transmission des agents pathogènes et les mécanismes de résistance aux méthodes de lutte, pour un meilleur contrôle; la caractérisation des relations climat/vecteurs/épidémies de dengue. Le but du programme était de mettre en réseau les compétences et les besoins de cinq Pays et Territoires du Pacifique Sud: la Polynésie française, Tonga, Fiji, la Nouvelle-Calédonie et la Nouvelle-Zélande. Dans le cadre de ce projet, l’équipe de l’ILM a réalisé courant 2015 les tests de compétence vectorielle de la souche Aedes aegypti de Pf vis-à-vis de la dengue, puis les résultats ont été comparés avec ceux obtenus avec des moustiques Aedes aegypti d’autres îles du Pacifique. Le programme est terminé, les objectifs initialement fixés ont été majoritairement remplis. Les données recueillies ont commencé à être valorisées dans le cadre de communications à congrès et d’articles scientifiques auxquels l’ILM a été associé.

Coordonnateur : IPNC

Chercheur en charge du projet pour l’ILM : Dr Cao-Lormeau

Ingénieur de recherche en charge des expérimentations : Dr Richard